常用的灭菌方法有湿热灭菌法、干热灭菌法、辐射灭菌法、气体灭菌法、过滤除菌法、汽相灭菌法、液相灭菌法等，可根据被灭菌物品的特性采用一种或多种方法组合灭菌。
一、湿热灭菌法
本法系指将物品置于灭菌设备内利用饱和蒸汽、蒸汽-空气混合物、蒸汽-空气-水混合物、过热水等手段使微生物菌体中的蛋内质、核酸发生变性而杀灭微生物的方法。该法灭菌能力强，为热力灭菌中最有效、应用最广泛的灭菌方法，适用于药品、容器、培养基、无菌衣、胶塞以及其他遇高温和潮湿性能稳定的物品。湿热灭菌条件通常采用温度-时间参数或者结合F0值（F0值为标准灭菌时间，系灭菌过程赋予被灭菌物品121°C 下的等效灭菌时间）综合考虑。
二、干热灭菌法
本法系指将物品置于干热灭菌柜、隧道灭菌器等设备中，利用干热空气达到杀灭微生物或消除热原物质的方法。适用于耐高温但不宜用湿热灭菌法灭菌的物品灭菌，如玻璃器具、金属制容器、纤维制品、陶瓷制品、固体试药、液状石蜡等。干热灭菌条件通常采用温度-时间参数或者结合FH值（FH值为标准灭菌时间，系灭菌过程赋予被灭菌物品160°C下的等效灭菌时间）综合考虑。
三、辐射灭菌法
本法系指利用电离辐射杀灭微生物的方法。常用的辐射射线有60Co 或137Cs衰变产生的γ射线、电子加速器产生的电子束和X射线装置产生的X射线。适用于能够耐辐射的医疗器械、生产辅助用品、药品包装材料、原料药及成品等。辐射灭菌控制的参数主要是辐射剂量（指灭菌物品的吸收剂量），为保证灭菌过程不影响被灭菌物品的安全性、有效性及稳定性，应确定最大可接受剂量。
四、气体灭菌法
本法系指用化学灭菌剂形成的气体杀灭微生物的方法，最常用的化学灭菌剂是环氧乙烷，一般与80% ~90%的惰性气体混合使用，在充有灭菌气体的髙压腔室内进行。适用于不耐高温、不耐辐射的物品（如医疗器械、塑料制品和药品包装材料等），干粉类产品不建议采用本法灭菌。采用环氧乙烷灭菌时，腔室内的温度、湿度、灭菌气体浓度、灭菌时间是影响灭菌效果的重要因素，同时需确认灭菌完成后灭菌气体和反应产物残留量对灭菌物品的安全性、有效性和稳定性的影响。
五、过滤除菌法
本法系指采用物理截留去除气体或液体中微生物的方法，常用于气体、热不稳定溶液的除菌。应根据待过滤介质属性及工艺目的选择合适的过滤器，除菌级过滤器的滤膜孔径通常选用0.22μm(或更小孔径或相同过滤效力）。过滤器的孔径定义来自过滤器对微生物的截留能力，而非平均孔径的分布系数。选择过滤器材质时，应充分考察其与待过滤介质的兼容性。
六、汽相灭菌法
本法系指通过分布在空气中的灭菌剂杀灭微生物的方法，常用的灭菌剂包括过氧化氢、过氧乙酸等。适用于密闭空间的内表面灭菌。灭菌效果通常与灭菌剂量(一般是指注入量）、相对湿度和温度有关。
七、液相灭菌法
本法系指将被灭菌物品完全浸泡于灭菌剂中达到杀灭物品表面微生物的方法。具备灭菌能力的灭菌剂包括：甲醛、过氧乙酸、氢氧化钠、过氧化氢、次氯酸钠等。灭菌剂种类的选择应考虑灭菌物品的耐受性。灭菌剂浓度、温度、pH值、生物负载、灭菌时间、被灭菌物品表面的污染物等是影响灭菌效果的重要因素。
