大环中的PDCA循环覆盖了新版标准从第4章到第10章的食品安全管理体系要求；

小环中的PDCA循环只覆盖了第8章“运行”的食品安全危害控制要求，着重强调了HACCP原理的应用， 并说明了两个PDCA的循环相互作用，协调工作，贯穿标准之中。

4.1 理解组织及其环境：组织在制订和改进战略时，应优先识别组织的内部和外部环境，评价优势和劣势，避免决策的盲目性；

4.2 理解相关方的需求和期望：把关注点从组织相关的供方和顾客（食物链的上下游）扩大到所有与组织食品安全管理体系有关的相关方（如主管机构、母公司、子公司、投资方、行业协会等）；

6.1 应对风险和机遇的措施：组织基于风险的思维对各体系过程进行风险和机遇的分析，制订和实施控制措施，最大限度地增加有利因素，预防和减少不利因素；

7.1.5 外部开发食品安全管理体系要素的控制：针对利用外部资源建立食品安全管理体系的企业，应对相关方和相关过程应予以控制；

7.1.6 外部提供过程、产品和服务的控制：针对利用外部资源进行生产和服务提供的企业，应对相关方和相关过程应予以控制；

8.4.2 紧急情况和事故的处理：明确了紧急情况的类型，及应急预案和内部和外部相关方的沟通，定期评审和更新应急预案；

9.1.1 总则（9 食品安全管理体系绩效评价）：更加明确了对食品安全管理体系的绩效进行监视、测量、分析和改进的时机、方法和对象；提高了食品安全管理体系的有效性；

10.1 不符合和纠正措施：从2005版标准只对偏离关键限值的情况进行纠偏，扩展到对不符合食品安全管理体系的现象都可以采用原因分析和制订和实施纠正措施，促进体系的持续改进。