医疗器械注册人委托生产时，其管理者代表不可以兼职。

 在《企业落实医疗器械质量安全主体责任监督管理规定》中第六条规定：

第六条  生产企业负责人应当在企业高层管理人员中确定一名管理者代表。管理者代表应当是所在企业全职员工，并符合相关条件要求。

管理者代表为高层管理人员，管理者代表应当由企业负责人任命、授权，在企业内部独立履行职责，发现产品存在质量安全风险时，应当提出相关产品上市的否决意见或者停止生产活动的建议。

管理者代表的职责包括不限于以下内容:

（一）贯彻执行相关法律、法规、规章、规范、强制性标准和产品技术要求。

（二）组织建立、实施并保持企业质量管理体系，向企业负责人报告质量管理体系的运行情况和改进需求。

（三）确保产品符合放行要求，并组织开展上市后产品质量的信息收集工作。

（四）组织开展企业自查、不良事件监测及报告、医疗器械召回等工作。

（五）配合药品监督管理部门开展监督检查，针对发现的问题，组织企业相关部门按照要求及时整改。

企业应当在确定管理者代表15个工作日内向所在地药品监督管理部门报告。

另外，文件中还提到：规模较小生产企业可以根据实际情况，由管理者代表兼任质量管理部门负责人。

因此，管理者代表在医疗器械生产企业中承担着建立、实施并保持质量管理体系，报告质量管理体系运行情况和改进需求，提高员工质量意识等重要职责，不可以兼职。