生物等效性试验通常采用交叉设计的方法，多数药物的清除率在个体间均存在很大变异，个体间的变异系数远远大于个体内变异系数。交叉设计可以有效规避个体间变异给试验带来的偏倚，在所作的观察次数相等时，在检测产品的差异时交叉设计比平行设计更加有效。

因此，只要实际操作上可行，各国指导原则均建议生物等效性试验尽量采用交叉设计的方法，通常情况下采用标准的2×2双周期交叉试验设计，即每一受试者轮流接受每一种处理方法。受试者随机分配到两组，进行两个周期的试验。第一周期，第1组受试者服用受试制剂(T)，第2组受试者服用参比制剂(R)。第二周期，第1组受试者服用参比制剂(R)，第2组受试者服用受试制剂(T)，两个周期之间要有足够长的清洗期，清洗时间>7个半衰期。

两序列、两周期（2×2）交叉设计

对于半衰期较长的药物，如果采用交叉设计，清洗期过长，会延长研究时间，增加试验质量控制的难度和受试者失访的风险，使得交叉设计变得难以实施，此时可以采用平行设计方法。平行设计，即每个受试者只接受一种处理方法，第1组受试者服用T，第2组受试者服用R，没有洗脱期。

平行设计因缺乏交叉给药这一环节，其病例数至少应该是交叉设计要求的2倍，平行设计个体间变异也比交叉设计更大，应结合药物的具体特性及统计学要求来确定具体的样本量。