微生物指标是衡量食品质量安全、最常见、最重要的因素之一 。食品中如果含有超出一定数量的微生物，不仅会使食物变质、腐败、失去营养价值，而且还会危害人类的健康和安全。食品中常见的微生物主要包括常规菌（菌落总数、大肠菌群、大肠杆菌、霉菌、酵母菌等）；致病菌(沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、单核增生李斯特、副溶血性弧菌等)；其他菌（乳酸菌、双歧杆菌、商业无菌、阪崎肠杆菌等）。

食品致病菌是可以引起食物中毒或以食品为传播媒介的致病性细菌。致病性细菌直接或间接污染食品及水源，人经口感染可导致肠道传染病的发生及食物中毒以及畜禽传染病的流行。食物中的致病菌是导致食品安全问题的重要来源。食品微生物中的致病菌限量是衡量食品安全标准的重要组成部份。食品安全国家标准《食品中致病菌限量》中制定了食品中各种致病菌的检出量，在肉制品、水产制品、粮谷类制品、即食加工果蔬、饮料及冷冻饮品等多类食品中的限量要求，在主要常见致病菌中沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌、大肠埃希氏菌等检出量要求中，大家所熟知的沙门氏菌的检出量为0，也就是说上述食品产品中不允许检测出沙门氏菌。