食品微生物检测是指运用微生物学的理论与方法按照严格的检测流程和科学的检测方法对被检食品中微生物的种类、数量、性质等作出判定以判别被检食品是否符合食用标准的科学依据。食品微生物检测是食品安全检测细分的一个类目，是食品安全的重要组成部份。食品微生物检测是衡量食品卫生质量的重要指标。通过对食品进行微生物检测可以判断食品加工环境及食品卫生情况为各项卫生管理工作提供科学依据，从而保障人民的身体健康

近期，出现的三全水饺“病菌门”和蒙牛雪糕微生物超标现象，引起了社会的广泛关注。微生物检测实属食品检测的重要项目，餐饮业、加工食品的微生物指标都需要达到标准，否则将危害人类健康。国内外开展微生物的检测项目的食品种类繁多，我国开展食品微生物检测的重点食品种类为：奶制品、罐头食品、调味品、蛋制品、淀粉类制品、发酵和非发酵性豆制品、冷冰饮品、糖果、饮用天然矿泉水等，其中食糖以及保健品的微生物检验为我国所独有。

目前，我们国家对于食品微物检测主要指有菌落总数、大肠菌群和致病菌三项。我们国家对于食品微生物检测从采集样本到出具检测报告有规范的操作流程。食品微物检测需要经过样品采集-样品送检-样品处理-样品检验-结果报告五个流程。对于食品微物检测方法，不同的检测项目对应有不同的检测方法，目前主要有普通培养法（简称国标方法）一般出报告的要用，仪器法、核酸检测法（PCR）、还有目前的快速检测法（主要包括：免疫磁珠、酶联免疫试剂盒、金标检测卡等。